一是坚持问题导向，切实提高财政资金使用效益。三个《管理办法》均进一步对部门职责、资金分配、使用与监管以及绩效管理等方面予以规范和强化。其中，新修订的大气污染防治专项资金管理办法，在既有支持范围基础上增列了煤炭削减、清洁取暖、包括柴油货车污染治理在内的机动车污染减排等蓝天保卫战重点任务。同时，将扬尘治理等适合采取市场化方式提供、社会力量能够承担的环境治理服务事项纳入政府购买服务指导性目录，支持引导社会力量有序参与大气环境治理。
二是坚持择优引导，建立专项资金分配奖惩机制。三个《管理办法》均明确，专项资金采取因素法和项目法相结合、以因素法为主的分配方式，坚持投入同攻坚任务相匹配。同时，建立资金分配奖惩机制，按照奖优罚劣原则，对审计、巡视、督查发现违法违规等问题，分配下年资金时按问题金额的一定比例进行扣减，并对问题突出的进行全省通报，扣减资金用于奖励预算支出进度快、资金使用效益高的市、县（市、区）。
三是坚持绩效优先，着力开展全过程预算绩效管理。三个《管理办法》均要求，财政部门会同生态部门对污染防治专项资金开展全过程预算绩效管理，强化绩效目标管理，做好绩效运行监控，开展绩效评价，绩效评价结果作为政策调整、改进管理和预算安排的重要依据。